Como no lo aclaras, estoy suponiendo que estas publicando un WebService desde PowerBuilder. Estos errores generalmente se asocian porque algo no tienes bien configurado en el IIS. Recuerdo que cada versión de PowerBuilder tiene un listado de items a revisar que tiene que tener configurado el sitio para que la publicación funcione. Por lo que busca en la ayuda de PowerBuilder los elementos que debe de tener tu sitio y verifica que los tenga.

Lo más básico que podrías intentar, es para el servicio de IIS, ingresa a la carpeta donde estas publicando y elimina todo su contenido, subes el servicio. Vuelve a intentar publicar y tal vez con eso ya te funcione.

Para futuras oportunidades. Trata de dejar mas claro que estas haciendo, e indica siempre la versión de PowerBuilder que estas utilizando.